医疗净化工程在初步建设完毕之后接下来的步骤（procedure)就是进行装修设计，特别是高级别的手术室净化对于室内装饰有着非常严格的要求，使其在满足功能要求的前提下，减少因材料和构造而产生或积聚的尘菌（fungus)，这对预防污染、降低（reduce)术后感染率是至关重要的。洁净手术室装修手术室的空气；手术所需的物品；医生护士的手指及病人的皮肤，防止感染，确保手术成功率。要求设计合理，设备齐全，护士工作反应灵敏、快捷，有高效的工作效率。手术室要有一套严格合理的规章制度和无菌操作规范。随着外科技术飞速发展，手术室工作日趋现代化。
层流手术室净化地面装修
由于地面的污染度比墙和吊顶要高得多，大量尘粒由于医护人员在地板上的走动和各种设备的移动而产生，故地面装修应引起设计人员的重视。层流手术室净化采用高效低毒消毒剂，以及合理使用，是保障一般手术室无菌环境的有力措施。根据不断讨论与反复斟酌，修订后《综合医院建筑设计规范》中，关于一般手术室的条文最终确定为：“一般手术室应采用末端过滤器不低于高中效过滤器的空调系统或全新风通风系统。地面装修应做到平整、光滑、耐磨、耐侵蚀(酸、碱、药)、易清洁。国内常采用现浇水磨石，取其光滑、耐磨、不起尘、防静电(是一种处于静止状态的电荷)、易清洗之长，但不宜采用过氧(Oxygen)乙酸稀释(dilute)液洗消，否则会与碱性的水泥（材料:粉状水硬性无机胶凝材料)起反应导致麻面。
较高档的地面装修可选用橡胶(Rubber)、聚胺脂(polyurethane)涂料、树脂类板材等，如在欧美、日本的许多医疗手术环境中，都采用了弹性塑胶(相关联事物:塑料)卷材作地面材料。洁净手术室装修手术室的空气；手术所需的物品；医生护士的手指及病人的皮肤，防止感染，确保手术成功率。要求设计合理，设备齐全，护士工作反应灵敏、快捷，有高效的工作效率。手术室要有一套严格合理的规章制度和无菌操作规范。随着外科技术飞速发展，手术室工作日趋现代化。它最显著的优点，就是少接缝(通常采用热熔焊接进行卷材间的连接，焊条由与卷材相同的塑胶材料制成)，可避免污物及特殊结构:荚膜、鞭毛、菌毛（fungus)的堆积，另外，它还具有耐污易洁、脚感舒适、花纹款式多样、安装及更换简便等水磨石无法比拟的优点。
在垂直手术室净化，如采用地面或地沟回风，回风部位面板应选用块状活动隔栅地板。地面不宜设地漏，否则应设高水封地漏，以防透气污染洁净室内空气。
层流手术室净化吊顶装修
顶棚底面需布置与安装高效过滤器(作用:过滤杂质等)送风口、照明灯具、烟感灭火器等，各种管线均需隐蔽在顶棚内，故顶棚部分是手术室净化内部装修的重点部位。顶棚以轻钢龙骨及大块面板材料做吊顶为宜，吊顶上风管等振动影响较多，故控制（control)振动脱落比控制材料表面硬度（Hardness)更重要。吊顶罩面材料宜采用密封胶灌缝或压条密封，使之形成整体，防止吊顶上部空间的灰尘通过缝隙污染洁净手术室的气流。
层流手术室净化门窗装修
在无窗的手术室净化工程中，医护人员及病患者因与外界完全隔绝，都容易产生抑郁、“被监禁”等不良感觉，不利于手术顺利进行(尤其是时间较长的大型手术)。因而笔者认为，洁净手术室可根据实际情况，适当设置窗户，改善手术室内的环境气氛，同时利于室外医护人员及时了解手术情况，不必入内即可与室内人员进行沟通。
层流手术室净化门位设置与气流流向和手术床有很大关系，在水平层流手术室，门位设在下风向，在其他手术室，门设在病人脚的方向，可以防止进出人流对病人的影响。

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